云南省中医医院针灸科目前有脑病、老年病、心身疾病、脊椎病、心血管病5个研究方向。学科围绕学科领域前沿及科室5个研究方向进行深入的多学科联合攻关；研究制定具有云南地域特色的针灸优势病种的中医诊疗方案；形成以中风、中风后吞咽困难、中风后痉挛性瘫痪、中风后焦虑状态、面瘫、项痹等脑病、老年病、脊椎病为重点病种的针灸特色突出、云南地域特点突出的中医规范化诊疗方案及临床路径并不断优化；围绕针灸的优势病种、疑难病种、急危重症病种，开展多中心大样本的临床科研，研究并创新针灸理论、针刺技术、针灸治疗设备；形成科室注重针刺手法与量效的学术思想，形成了中药外治等系列特色疗法；同时，研究名老中医学术思想及临证经验，进行科学研究总结，并积极开发院内制剂。科室开设特色针灸门诊。积极引进先进适宜技术，创新针灸特色疗法，并具有一定的云南地域特色。
针灸专科注重国内外科研合作与交流，与天津中医药大学附一院针灸部、北京东直门医院、江西省中医院、浙江省中医医院、南京市中医医院、黑龙江中医药研究所、成都中医药大学针推学院、湖北中医药大学针推学院、泰国宋卡王子大学医学院、香港大学医学院建立了科研、人才培养等合作关系，并签署相关合作协议，联合开展医疗、教学、科研等学术活动。
目前科室科研项目共立项36项，其中，主持国家“973计划”项目子课题1项；主持国家自然科学基金项目2项；主持国家“十一五”支撑计划子课题1项，参与国家“十一五”支撑计划2项；主持省部级课题5项；其余为厅级课题。获省部级科技成果奖3项，卫生厅科技成果奖1项；主编国家规划教材十余部，主编及参编针灸专著三十部；发表论文110篇，SCI收录1篇。